Neste trabalho, argumenta-se que o amplo reconhecimento da associação entre inovação e desenvolvimento econômico e social e da relevância das políticas públicas de inovação formou uma espécie de “consenso difuso” dificilmente contestado no Brasil. Contudo, as políticas de inovação adotadas no país carecem de uma estrutura institucional adequada a sua implementação, caracterizando o que se denominou neste estudo de “dissenso confuso”. Argumenta-se que as dificuldades apresentadas para que as políticas de ciência, tecnologia e inovação (CT&I) contribuam de forma mais efetiva para que o Brasil amplie, de forma significativa, os esforços tecnológicos de seu setor produtivo estão menos na natureza intrínseca dos instrumentos de apoio à inovação e mais em seu descolamento da estrutura institucional que os operacionaliza. Demonstra-se que esta estrutura institucional: i) é pouco aderente à percepção da natureza sistêmica do processo de inovação; ii) não cria incentivos suficientes para a alocação, pelos gestores e instituições públicas, de recursos no setor produtivo; iii) incentiva a pulverização de recursos, com a consequente perda de foco e escala que pode, em vários casos, reduzir a eficácia das políticas adotadas; e iv) incentiva a reprodução de modelos e prioridades formatados em contextos distintos do brasileiro.