Este trabalho analisou o papel dos dois laboratórios oficiais – Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) e Instituto Butantan – no enfrentamento da pandemia de covid-19 no Brasil, a partir da análise do processo de construção de suas capacidades produtivas e inovativas e das políticas públicas que os apoiaram. Os procedimentos metodológicos envolveram revisão bibliográfica, pesquisa documental e coleta de dados. Verificou-se que, a partir da identificação de uma missão (garantir a suficiência no fornecimento de imunizantes) e de políticas que utilizaram sobretudo o poder de compra do Estado, desenvolveu-se grande capacidade de produção de vacinas. Essa, no entanto, não se assentou em uma capacidade de inovação endógena. Fiocruz e Butantan, laboratórios públicos centenários, provedores do sistema universal de saúde, cujas capacitações são fruto de investimentos de longo prazo, foram protagonistas nas iniciativas de enfrentamento da crise sanitária recente. Entende-se, assim, que o Estado teve um papel-chave na construção do Sistema de Inovação em Saúde Brasileiro (Sisb), assim como o terá no futuro, na busca pela superação de suas fragilidades.