De acordo com a nova equipe dirigente do Ministério da Educação (MEC), que assumiu em janeiro de 2004, a reorganização da estrutura institucional sofrida por esse Ministério teve por objetivos ampliar a articulação das ações desenvolvidas e melhor adequar a organização aos preceitos da Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional (LDB). Nesse sentido, foram criadas três novas secretarias: Secretaria de Educação Básica, responsável pelos níveis de ensino Infantil, Fundamental e Médio; Secretaria de Educação Profissional e Tecnológica; e Secretaria de Educação Continuada, Alfabetização e Diversidade. Uma nova lógica também orientou a revisão do Plano Plurianual da Educação, que implicou ampla reorganização das ações em novos programas que passam a ser estruturados por níveis e modalidades de ensino, reinstituindo sua vinculação com a estrutura organizacional do Ministério, em substituição à concepção original orientada pela transversalidade.