Este artigo investiga os fatores associados às desigualdades de rendimentos de uma coorte de graduados de 2011 em cursos brasileiros das áreas de ciências, tecnologias, engenharias e matemática (CTEM), ao longo de sete anos após a formatura. Especificamente, analisa-se como as origens sociais desses indivíduos são mediadas pelas características dos cursos e instituições de educação superior em seus efeitos sobre as desigualdades de rendimento do trabalho. Para tanto, foram cruzados vários registros administrativos do governo federal, com destaque para dados educacionais e de emprego, e foram construídos indicadores de prestígio e qualidade dos cursos e instituições de educação superior. Além de análises descritivas sobre a trajetória laboral dos graduados em CTEM, foram utilizados modelos multiníveis de regressão para estimar o efeito das origens sociais e da educação superior na remuneração desses indivíduos. Os resultados indicam que: i) a influência da educação superior sobre a desigualdade de remuneração entre os egressos em CTEM é substantiva, porém decrescente ao longo do tempo; ii) os efeitos das origens sociais, de gênero e cor/raça sobre as desigualdades de rendimentos são parcialmente mediados pela trajetória na educação superior; iii) essa mediação é maior para a escolaridade dos pais e menor para o gênero, destacando tanto o papel da educação como redutor de desigualdades sociais quanto os mecanismos discriminatórios próprios do mercado de trabalho, que persistem, apesar da trajetória educacional dos indivíduos; iv) os indicadores de qualidade e prestígio das instituições têm efeitos significativos sobre a remuneração dos graduados, podendo até mesmo absorver completamente o efeito das instituições públicas nos rendimentos, indicando seu potencial para analisar a heterogeneidade do sistema de educação superior; e v) o ciclo econômico exerceu uma forte influência sobre a inserção ocupacional dos egressos, sendo importante para a qualidade do emprego, no médio prazo, o tipo de inserção obtido imediatamente após a conclusão do curso de graduação.