Com base nos princípios de universalidade e igualdade e na diretriz da integralidade, o Sistema Único de Saúde (SUS) se constituiu como rede regionalizada e hierarquizada que reconhece a interdependência entre municípios e entre níveis de governo para garantir a oferta dos serviços. A União e os estados compartilham com os municípios as responsabilidades quanto à garantia do direito constitucional de acesso aos bens e serviços de saúde no país, ampliando a exigência de cooperação e coordenação das ações entre os três níveis de governo. Em um esforço de responder a essas questões, as relações intergovernamentais sofreram progressivas transformações desde a criação do sistema. Recentemente, em um contexto de redução do gasto social federal, ampliou-se a demanda por menor regulamentação da União, com adoção de alterações na forma de repasses dos recursos federais. Sob a luz da trajetória institucional das últimas três décadas, bem como da literatura sobre descentralização em saúde e sobre federalismo e políticas sociais, este Texto para Discussão se dedica a analisar a mudança ocorrida em 2017 sobre a forma como são feitos os repasses federais no SUS. Tendo em vista esses aportes, o estudo sublinha que os resultados da descentralização podem ser negativos para a eficiência na gestão e a equidade no acesso aos serviços de saúde. Enfatiza-se, ainda, a relevância dos arranjos e mecanismos de coordenação para a melhoria do resultado da política de saúde e da efetividade na gestão dos sistemas. Analisando o quadro de agravamento do financiamento do SUS, com a provável redução da participação da União na alocação de recursos em saúde, em virtude do congelamento de sua aplicação mínima pela Emenda Constitucional no 95, destaca-se o risco de transferência de maiores responsabilidades para estados e municípios, já premidos pelo subfinanciamento no setor. Como consequência da medida, pode-se enfrentar redução da capacidade de coordenação do sistema, perda de efetividade, aumento de competição e da fragmentação, além de crescimento da desigualdade de acesso aos bens e serviços de saúde no país.