Os tempos de espera são longos, e existem muitos pacientes aguardando transplantes de órgãos no Sistema Nacional de Transplantes (SNT), que se defronta com uma grande escassez de órgãos. Utilizamos a metodologia não paramétrica da análise envoltória de dados – data envelopment analysis (DEA) – para realizar uma avaliação exploratória da eficiência do SNT. Os recursos são os gastos com cirurgias, procedimentos associados e medicamentos, e os resultados considerados são as quantidades de transplantes. O estudo avalia a trajetória da eficiência ao longo do período que vai de 1995 a 2003. Observamos uma queda na eficiência ao longo do período estudado, com uma aparente recuperação a partir de 2001 até 2003. Em princípio, o trabalho revela um aumento da eficiência nos transplantes de fígado, mas não existe uma tendência muito definida para os transplantes de rim. Como não existe trabalho similar no Brasil, acreditamos poder contribuir com os formuladores de políticas e com os demais interessados em transplantes de órgãos no Brasil.