O processo de planejamento regional passa por dois estágios, com características distintas. No primeiro estágio, iniciado com a criação da SEDEM e a continuidade da criação de superintendências regionais, busca-se alcançar objetivos regionais de desenvolvimento. Esses objetivos são intrarregionais, centrando-se em maximizar funções objetivas específicas de cada região, levando em conta complementaridades inter-regionais. Este estágio considera que a demanda combinada de duas ou mais regiões pode justificar projetos que uma única região isoladamente não justificaria. Já no segundo estágio, ou estágio inter-regional, o foco é direcionado para objetivos nacionais de desenvolvimento regional. Nesse estágio, a experiência acumulada no planejamento intrarregional orienta a estrutura de produção das regiões menos desenvolvidas para torná-las mais integradas e eficientes, visando atender metas nacionais. No entanto, há preocupações com a dependência excessiva de algumas regiões em relação ao sistema de incentivos, podendo levar à absorção desigual de estruturas produtivas e dificuldades na implantação de unidades econômicas devido à falta de integração setorial e complementaridade inter-regional. O segundo estágio busca, portanto, superar essas limitações e promover um desenvolvimento regional mais equitativo e integrado.