A evolução das políticas de saúde ao longo dos dois períodos do governo Fernando Henrique Cardoso será examinada a seguir em conformidade com aspectos que se referem a condições de saúde, controle de enfermidades, organização do sistema, regulação e financiamento. Os avanços e problemas mais marcantes serão situados inicialmente em relação a cada um desses aspectos para que se tenha uma visão do conjunto.