O Brasil enfrentou graves consequências da pandemia de covid-19, figurando como o terceiro país com mais casos da doença e o segundo em número de mortes. Este artigo analisa a atuação da Comissão Nacional de Incorporação de Tecnologias no Sistema Único de Saúde (Conitec) diante das pressões políticas durante a crise. O estudo, baseado em análise documental e entrevistas com burocratas da Conitec, destaca que a comissão resistiu à instrumentalização política para promover tratamentos não comprovados cientificamente, como o kit covid. Em que pese a resiliência construída pela capacidade analítica do setor e o suporte da comunidade epistêmica na avaliação de tecnologias em saúde (ATS), a configuração institucional da Conitec não garantiu autonomia suficiente para impor medidas baseadas em evidências científicas. O caso das diretrizes para o tratamento da covid-19 revela os desafios enfrentados pelas instâncias de aconselhamento científico em meio a pressões políticas e destaca a importância da dinâmica entre autonomia e capacidade analítica dessas instâncias na governança de evidências no setor público.