A alocação de recursos federais por meio de emendas parlamentares (EPs) ao Sistema Único de Saúde (SUS) vem crescendo desde a aprovação do orçamento impositivo e tem contribuído para a redução da parcela de recursos destinados às ações e serviços públicos de saúde (ASPS) por programação própria do Ministério da Saúde (MS). Além disso, deficits de transparência na execução orçamentário-financeira desses recursos têm dificultado a contabilização das despesas por áreas de atuação do SUS. Assim, o objetivo deste texto é propor um método para a estimação das despesas em ASPS por EPs do MS, com cada município favorecido, segundo áreas de alocação dos recursos, relativas ao período de 2015 a 2020. Trata-se de uma contribuição para estudos futuros sobre o financiamento e o gasto público em saúde no Brasil. Para tanto, a investigação metodológica se pautou em uma análise exploratória de relatórios de execução orçamentário-financeira do MS, do período de 2015 a 2020. Foram utilizadas três fontes de informação: i) o Siga Brasil, sistema de informação sobre o orçamento da União, de acesso público, mantido pelo Senado Federal; ii) uma planilha eletrônica disponibilizada pelo Fundo Nacional de Saúde (FNS), obtida a partir de solicitação de acesso à informação, contendo dados de execução por EP; e iii) o Painel FNS Emendas Parlamentares, que disponibiliza dados de execução de EP pelo MS via internet. Os procedimentos para a identificação das despesas por EP no Siga Brasil foram detalhados. O resultado da análise do relatório de cada uma dessas três fontes foi de que, segundo os critérios de acessibilidade, clareza metodológica, cobertura e consistência, o Siga Brasil é a fonte mais adequada para a obtenção de informações sobre as despesas por EP do MS com cada município favorecido. Procedimentos para a estimação da despesa em atenção básica e média e alta complexidade do período de 2015 a 2018 foram propostos, obtendo-se, ao fim, a despesa por EP do MS com cada município, segundo essas e outras áreas de alocação de recursos, para todo o período investigado (2015 a 2020). Conclui-se que o método proposto é factível e reprodutível, mas que problemas no registro das despesas pela administração pública federal afetam a transparência e a qualidade da informação, especialmente para os anos de 2015 e 2016.