O objetivo deste estudo é mensurar o diferencial de desempenho acadêmico entre estudantes da educação de jovens e adultos (EJA) e do ensino médio em escolas regulares no Ceará. Utilizando dados do Sistema Permanente de Avaliação da Educação Básica do Ceará (Spaece) e dos Censos Escolares de 2012 e 2014, os alunos foram pareados pelo método de escore de propensão, e suas características, ponderadas por entropia. Os resultados apontam que os integrantes da EJA possuem desempenho em língua portuguesa (-0,82 desvio-padrão) e matemática (-0,58 desvio-padrão) inferior aos do ensino regular. Dessa forma, espera-se que a gestão escolar tente equalizar as disparidades existentes entre estas modalidades de ensino, proporcionando um desempenho com maior equidade.