No artigo discutimos novos dados sobre filiações partidárias dentro dos ministérios, para caracterizar as nomeações político-partidárias na burocracia de alto e médio escalão, de 1999 a 2018. Argumentamos que são significativas as clivagens partidárias no interior dos ministérios. Para analisar a variação entre pastas, propomos um índice de fracionalização partidária intraministerial. Ao apontar que partidarização e racionalização são dimensões diferentes, e variam de modo significativo entre ministérios, uma implicação de nosso argumento é realçar as clivagens partidárias intraministeriais no estudo do funcionamento do governo e na relação entre Executivo e Legislativo federais. Sugerimos também que observar as divisões político partidárias em cada ministério é um aspecto ainda pouco considerado nas análises dos processos de governo e do presidencialismo de coalizão brasileiro, incluído o êxito na relação com o Legislativo. Ademais, é também fator-chave para identificar características e obstáculos à boa governança das políticas públicas federais.