O presente artigo analisa três compromissos que nortearam a introdução da política de fundos setoriais no país, que propugnavam ampliar e dar estabilidade de recursos ao sistema de Ciência Tecnologia e Inovação (CT&I); eleger o setor produtivo como agente central de suas ações; e requerer das agências de fomento envolvidas, Financiadora de Estudos e Projetos (Finep) e Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), o compartilhamento na gestão da nova política. Não obstante a política de fundos setoriais ter se pautado na oportunidade de vincular recursos à Ciência, Tecnologia e Inovação (CT&I), vem se tornando importante instrumento de fomento, visto responsabilizar-se por cerca de 30% dos investimentos do Ministério de Ciência e Tecnologia (MCT) nessas atividades. Todavia, constatou-se que os recursos aportados somente recolocaram os investimentos do ministério em seus patamares históricos. Constatou-se, também, que a participação empresarial, principalmente das Pequenas e Médias Empresas (PMEs), tem sido pequena, o que se atribui à fraca capacidade de sensibilização dos mecanismos utilizados e ao fato de a requerida gestão compartilhada entre as agências não ter sido alcançada, devido a assimetrias no controle e na operacionalização dos recursos e a suas tradicionais concepções de fomento. Por fim, o texto discorre sobre a reestruturação do modelo de gestão em 2003, a qual concentrou poderes na recém-criada Comissão de Coordenação dos Fundos Setoriais (CCFS). Esta institui a modalidade de apoio transversal, que desvincula os recursos ao setor de aplicação, comprometendo, assim, as vantagens sistêmicas que a concepção setorial encerra. À margem dessas, que determinam as performances das firmas e dos países em que se localizam, os fundos setoriais reduzem-se à sua expressão contábil.